柯南和小五郎等拉着大队，民国来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，民国大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :太上老君炼出一颗无敌仙丹，却失手丢下天庭，落入庐州（合肥古称），被一只老母鸡误吞，摇身一变成为了拥有神力的鸡。老母鸡巧遇生性调皮的小男孩包子，从此成为包子家的另类宠物兼全能保姆，取名包美丽。在包子家生活的过程中，美丽逐渐拥有了多重身份——因为拥有仙丹法力，它常常成为包子一家的救世主；因为鸡婆个性，它又会变成包子唯恐避之不及的唠叨保姆；因为侠义情怀，它同时也成为包子及其小伙伴们的神秘战友，一同去应付日常所见的种种不平，就这样，美丽身为一只老母鸡，却渐渐融入了人类的世界，成为了包子家重要的家庭成员。在陪伴包子成长的岁月中，它自己也慢慢领悟了亲情、友情以及人生的真谛。
回复 :目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……
回复 :故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。
