故事发生在东京八丈岛近海，草莓一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，草莓来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :故事发生在一间名为“GLASS STUDIO AMATO”的玻璃工坊，在这里坐镇的，是拥有丰富经验的吹玻璃手艺人小松诚二（日野聪 配音），虽然小松吹制玻璃的手艺十分高超，但地处偏远的工作室鲜少有客人拜访，这令小松感到十分困扰。除了小松外，这里的长住客还有一只名为穆柯（吉田仁美 配音）的柴犬，它拥有着光亮滑润的皮毛和闪闪发光的鼻子，每天元气满满的上蹿下跳。穆柯和小松之间的关系十分亲密，小松信赖这位对自己悉心照料的主人，总希望有一天主人也能够变成小狗，走进自己的世界。除此之外，外表恐怖内心温柔的网页设计师牛岛厚平（间岛淳司 配音），酒吧老板棒田先生（藤原启治 配音）和他的女儿玲奈（上坂堇 配音）都是穆柯的好朋友。
回复 :一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
回复 :闇との決戦から二年。ブルードラゴンを失ったシュウは、ブーケ、レゴラスと共にレジスタンスを組織し、ロギ率いるローゼンクロイツといまなお戦っていた。そんなある日、突如空から謎の物体が降って来る。シュウとブーケが巨大なクレーターが出来た現場へと駆けつけると、そこにノイという少年が現れる。ノイは何故かシュウの事を影使いだと知っており、見下したような口調で「すぐに殺されてしまう」と告げる。そんな中、ノイを追うように巨大ドラゴンが現れ、突然、攻撃を仕掛けてくる。絶体絶命の危機。だがそのとき、ノイの能力によって、シュウの影から再びブルードラゴンが出現する。
