故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，国产校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，国产碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
女生宿舍
回复 :刻苦学习的高中3年生·唯我成幸，为了获得免除大学学费的“特别VIP推荐”资格，而要去担任为备考而苦战的同级生们的教育指导员。教导的对象是“文学之森的睡美人”古桥文乃和“机关精巧的拇指姑娘”绪方理珠这两位学园顶尖的天才美少女！原本以为她们的学习能力完美无缺，没想到对于不擅长的学科却完全无能……！？成幸一边被充满个性的“学不来女孩”们玩弄于股掌之间，一边为了让她们努力通过大学考试！无论学习还是恋爱都“学不来”的天才们的恋爱喜剧，就此开幕！！
回复 :过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
回复 :青野月音（岸尾大辅 配音）是一个平凡的高中男生，在升学考试之中，月音发挥失常，导致了无学可上的尴尬局面，就在此时，一间名为阳海学园的学校向月音抛出了橄榄枝，这是月音继续接受教育唯一的希望了，月音当然毫不犹豫的接受了。然而，阳海学园可不是什么普通的学校，这是一所专门供给各种各样的妖怪们学习的学校，照理来说，人类是不可以进入校园的，一旦被发现真实身份，便会被妖怪们杀死。一次偶然中，月音邂逅了名为萌香（水树奈奈 配音）的吸血鬼少女，萌香意外的发现月音的血有着至高无上的美味，于是决定帮助月音隐瞒身份，在这所学校里生存下去。