某天，狼线柯南因感冒在家休息，狼线期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
回复 :在经历了“奇遇记”中的奇幻冒险之后，三毛得到了进一步的锻炼与成长，并增加了勇气与 智慧。三毛、小拉里、巧巧和小怪怪这四个小伙伴正在童话世界中过着幸福快活的日子，突然有一天，他们的平静生活被一件突发事件所改变。
雁卿
回复 :梦想着将来成为了不起的画师的高中一年级学生冈仓天鼓林。实际上，却是一个没有干劲、没有才能，成天只会偷懒的废柴女高中生……在她面前突然出现了“风神雷神图屏风”中的雷神。「我来实现你的愿望——」如此说着的雷神召唤出了尾形光琳、高桥由一、狩野永德等等在日本美术史留下大名的大画家们。跨越时空，「让梦想成功的秘诀」不断传授给天鼓林。目标是素描甲子园的优胜！天鼓林能否成功改变自己，实现梦想呢？！
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
