剧情将回到2006年，春暖白宫发现总统的机密文件遭到骇客入侵而召来了里昂所带领的特工团队，春暖在搜查期间却突然停电，并遇到了丧尸袭击。另一方面，TerraSave员工克莱尔在某个国家支持难民时，从一名患有失语症的少年手中获得了一幅看似有人感染病毒的画，并以此为展开调查。 翌日，克莱尔为了修建福利设施的议题前往白宫，巧遇里昂并将少年的画展示给他看。尽管里昂认为白宫的丧尸事件和那幅奇怪的画有关联，克莱尔却持相反意见径自离去。两个遥远国家所爆发的丧尸事件，最终将发展成动摇国家的事态。
回复 :二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？
回复 :自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
回复 :这是关于传奇奴良组创立始末的尘封故事。不知曾几何时，旅行中的奴良滑瓢（游佐浩二 配音）偶然救下纳豆小僧（新井里美 配音），后者心甘情愿拜其为总大将，寸步不离。途中，滑瓢大吃霸王餐，遭到小鬼、豆腐小僧等相貌凶恶但实力弱小的妖怪追杀。滑瓢轻松击败他们，却也同情这几个无家可归妖怪的遭遇，于是出头愿意带他们介绍到超级武斗派妖怪组织远野一族的门下。然而远野一族决计不愿接纳弱者，为此滑瓢必须独自一人在藏龙卧虎的远野一族领地内展示自己的实力。魑魅魍魉之主的传奇由此开始……本片根据椎桥宽的同名原作改编，是该动画的第二部OVA作品。
