秘密行动组第三季开始，日韩Jonas在逃往巴拿马时被政府刺客盯梢。在华盛顿，日韩Col. Ryan尝试去搞清楚谁是试图拆散秘密行动组的幕后黑手，想要了解接近真相的答案。在回基地时，Tiffy去监狱看望悲惨的Mack，希望能拯救他们崩溃的婚姻。Kim把孩子安置好之后回到德克萨斯的家。最后，Jonas和他的团队一边逃避被追捕，一边尝试找出秘密组织瓦解背后主谋的身份。他们还要搜寻被关在隐秘位置受着折磨的Mack。回到基地，Kim被CIA监视着，Jonas委任她一个很重要的任务.....