第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，飞出查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，飞出Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军队顽强抵抗外星入侵者的一次次进攻。与前任Manchester博士比起来，Tom在对待外星人的态度上更具侵略性也更主动。查尔斯顿政府与起义的「突击者」形成了不太牢靠的联盟关系，Tom让「突击者」起义军留在查尔斯顿与人类并肩作战，但这引发了一些人类的不满，两个种族的关系持续紧张。「突击者」起义军在战斗前总是将脸上涂满红黄相间的条纹，以纪念在第二季结尾英勇牺牲的领袖「红眼」。Tom的儿子Ben现在是查尔斯顿政府与「突击者」起义军之间的联络人。无论人类还是「突击者」都明白，他们即便联手也很难打败强大的敌人——此前被第二独立团戏称为「鱼头」的外星种族Espheni。虽然他们的君王已死，但另一个更强大、更邪恶的君王刚刚继承了统治权。更糟糕的是，一个全新的外星种族在双方激战正酣时抵达地球并迅速投身战场。