Season2では、童僧吉宗の遺志を継ぎ若き医師たちが赤面疱瘡撲滅に向けて立ち上がったその後の物語から、童僧幕府の人々が江戸城無血開城のために奔走した幕末・大政奉還までが初めて映像化される。