铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，女巫决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，女巫并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
回复 :阿牛得到雷神托尔的神锤与火魔战斗，在朋友的帮助下战胜了火魔。接下来星猫一行人一起去狮王城寻找狮子座星座战士。阿杰进入狮王城打听到狮王城的国王白狮王和皇后神秘失踪，经过调查发现这一切都是狗头法师搞的鬼。马戏团里的小丑大牌竟然是失踪的狮王城王子？为什么白狮王和皇后被关在神秘的地牢？等等，关在地牢里的还有小吉和司令？ 乐观的两位小天使终于想起三弟从天神星发来的求救讯息，正当所有人为天神星发生的一切担心时，垃圾二人组之一的阿瑟叫醒了天神星十二判官，处刑人和执法官到底使用了什么秘密武器让天神星里被复制的魔化兵害怕？再次被吵醒的仙女姐姐看到蟑螂发生了什么？ 复制版的狗将军和太白老爹搭乘狗头战舰正赶往地球，星猫他们能化险为夷吗。
