故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，核基迫于男女比例的社会压力，核基将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，但作为一所综合性学校，樱才高中崭新的未来开始了。作为二十八分之一，津 田隆利（浅沼晋太郎 配音）以其各方面看来都无比普通的成绩获取了入学资格。在校园中，隆利结识了学生会会长天草筱（日笠阳子 配音），从而开始了自己的学生会生涯。书记七条天空（佐藤聪美 配音）、会计萩村铃（矢作纱友里 配音）、顾问横岛鸣子（小林优 配音）等女性陆续出现在了隆利的身边，而这些外表可爱美艳的女孩们，却都拥有着无论如何都不能用正常来概括的性格，这究竟是怎么回事？
回复 :完美无缺的班长羽川翼，在第二学期首日，受到一只巨虎瞪视 这是空虚的独白，无人聆听的告白
回复 :就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷入一起被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”。而那张桌子后面还有一张桌子，其主人荒井花（铃木杏 配音）长期旷课，花也恰恰是彻子现在的邻居。为了弄清杀人事件的真相，给自己起名“爱丽丝”的彻子壮着胆子进入花的家，进而得知了关于“犹大”的种种往事。以此为契机，这两个性格有些古怪却灵巧可爱的女孩开始了她们伟大的友谊……
回复 :故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
