这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，欧美隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，欧美此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。
回复 :美国中央情报局一个特工被同事和上司克隆了，自己呆在实验室了，克隆人却回到了他的家中与他妻子和孩子生活，而且克隆人的生活完全被监控，当他知道自己被克隆并且克隆人在自己家中时，他逃出并查找自己被克隆的原因.
回复 :大场奈奈。圣翔音乐学园第99期生 学号15号。中学时代孤身一人身处演剧部的她，知晓了在这所学园首次创设舞台的真正喜悦。以同一个舞台为目标，携手共进的99期生这些同志。落幕的瞬间沸腾的掌声，以及令身体颤抖的充实。让那如同燃烧宝石般的光辉让那如同闪亮彩虹般的每个幸福之日，再一次——被那份眩目囚禁的奈奈，参加了长颈鹿主办的谜之选拔。成为合格者的她，期盼着在命运舞台上的「第99回圣翔祭，那一年间的再演」。「好吧」然后再次开始的，「那一年」。奈奈将开花结果的才能，全部投入到那眩目之日的「再演」中。但她尚未知晓。没有完全相同的舞台。没有不会结束的舞台。在重复的再演前方，旋转的轮舞开幕。「本该是演出过的舞台。但，却是我不知道的舞台」「那就是，轮舞·轮舞·轮舞——我明白的」
回复 :故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
