《毒枭：巧克墨西哥》第 2 季继续讲述米格尔·安赫尔·费利斯·加拉多的故事，巧克他现在是墨西哥第一大贩毒集团（瓜达拉哈拉贩毒集团）的教父，一直在努力保持对各方势力的掌控，发展自己的帝国，在成为教父的路上不断调和所面对的背叛与牺牲。随着贩毒集团不同“广场”之间的摩擦加剧，费利斯对局势的掌控也随之减弱。同时，贩毒集团手上的血债（缉毒局探员奇奇·卡马雷纳之死）和腐败的政治家在墨西哥引发了一系列因果报应。由坚定的缉毒局探员沃尔特·布列斯林领导的“莱茵达行动”并不总是按常规出牌，且矛头直指费利斯·加拉多和他的心腹，进一步导致了贩毒集团的不稳定和动荡。